Durante o período colonial das Américas, os negros escravizados vindos da África sofreram com uma série de restrições culturais afim de evitar o exercício dos costumes originais de suas tribos. Os tambores, por exemplo, eram proibidos por serem considerados pela igreja instrumentos de uma cultura pagã e podiam ser usados como forma de comunicação.
No Peru, afim de se driblar as restrições impostas pelos colonizadores, os escravos fizeram das caixas vazias de alimentos e frutas seus tambores. O Cajon, caixa ou gaveta em espanhol, que era usado como assento, propiciou também o descanso mental tão necessário aos escravos e o resgate de sua cultura.
No Peru o Cajon foi usado como acompanhamento de quase todos os ritmos Afro-Peruanos das regiões litorâneas e é, desde 2001, considerado “Patrimônio Cultural da Nação” apesar de sua origem ainda ser reivindicada por outros países próximos, como Cuba por exemplo. Seus maiores nomes no Peru são Porfirio Vásquez, que definiu sua forma definitiva e Nicomedes Santa Cruz que o mostrou ao mundo.
O Cajon é um instrumento versátil pois permite que se extraia diversos timbres de acordo com forma ou do ponto em que se bate. Na década de 70, encantou o violonista Paco de Lúcia, de visita ao Peru, que o levou para a Espanha e o introduziu no flamenco, popularizando desta forma tanto o instrumento na Europa que é comum o público europeu achar que o Cajon foi inventado na Espanha.
Hoje, devido à grande disponibilidade de informações, o Cajon está cada vez mais popular, principalmente devido a sua versatilidade que permite que seja usado nos mais variados ritmos, muitas vezes substituindo a bateria ou partes dela em apresentações acústicas. Hoje em dia inclusive é possível observar evoluções do instrumento, como por exemplo os Cajones inclinados (mais ergonômicos) e os amplificados que podem ser usados em apresentações onde se faz necessário mais volume.